Masifnya pembangunan infrastruktur dan gencarnya percepatan pembangunan Proyek Strategis Nasional membuat Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) Perubahan 2017 mengalami defisit sebesar 2,9% terhadap Produk Domestik Bruto. Di satu sisi, terdapat 32 Proyek Strategis Nasional senilai Rp 207,4 trilion yang selesai pada tahun 2018, namun di sisi lain terjadi crowding out effect, yakni situasi ketika terjadi perebutan dana di pasar akibat tingginya keperluan likuiditas yang ditarik pemerintah melalui penerbitan surat utang negara dengan perbankan dan over-investment, yakni situasi ketika ekspansi fiskal tidak berdampak pada peningkatan produktivitas dan output perekonomian.[139]

Rektor Unika Atmajaya Agustinus Prasetyantoko menilai crowding out effect bisa saja terjadi akibat pembangunan infrastruktur yang masif, meski belum sampai menimbulkan over-investment. Salah satu risiko dari pembangunan infrastruktur adalah meningkatnya beban perekonomian dalam jangka pendek, namun dalam janga panjang dapat menimbulkan efek ganda sepanjang risiko jangka pendek itu dapat dikelola dengan baik.[140]

Selain itu, beberapa kalangan dan ekonom mengkhawatirkan semakin membesarnya utang luar negeri badan usaha milik negara. Aliran uang kas para badan usaha milik negara (BUMN) yang mendapat penugasan untuk membangun infrastruktur diistilahkan oleh Agus Pambagio, pengamat kebijakan publik, sudah kuning dan sebagian sudah merah.[141] Menurut A Prasetyantoko, aspek pengurusan risiko dari beberapa Proyek Strategis Nasional juga sedikit longgar, kurang kuatnya studi kelayakan seperti terlihat dalam projek kereta cepat Jakarta-Bandung, dan pembangunan Light Rail Transit (LRT) yang masih menimbulkan permasalahan skema pendanaan meski proyeknya telah berjalan.[140]

Wakil Presiden Jusuf Kalla tercatat beberapa kali melontarkan kritikannya terhadap beberapa Proyek Strategis Nasional, seperti LRT Jabodebek, Kereta Api Trans Sulawesi, dan Bandara Udara Kertajati, Jawa Barat. Jusuf Kalla menilai, pembangunan Lintas Rel Terpadu (LRT) Jabodebek elevated (struktur bangunan di atas) menimbulkan biaya yang mahal dan membuat jalan tol tidak bisa diperlebar lagi.[142] Hingga 2020, LRT Palembang yang telah beroperasi masih sepi dan hanya menjadi ajang coba-coba turis lokal. Jusuf Kalla menilai projek tersebut telah membuat pemerintah daerah rugi, kerana kurangnya kajian ekonomis dan teknis dari projek tersebut.[143] Pembangunan kereta api Trans Sulawesi dari Manado hingga Makassar diperkirakan akan sepi mengangkut barang dan penumpang.[144] Bandara Udara Kertajati yang sudah dibangun dengan biaya Rp 2,6 trilion atas inisiatif Gubernur Jawa Barat, hingga kini juga masih sepi, kerana letaknya yang jauh dari Jakarta dan jauh dari Bandung (berjarak 100 kilometer dari kota Bandung).[145]

Pengerjaan pembinaan beberapa Proyek Strategis Nasional juga mendapat sorotan terkait pengurusan risiko projek dan kehati-hatian menyusul adanya beberapa kali kejadian ambruknya pembinaan dari projek, seperti Jalan Tol Depok-Antasari yang mengalami dua kali ambruk konstruksinya pada 2018 dan Oktober 2019.[146] Dua crane seberat 70 ton dan 80 ton projek Lintas Rel Terpadu (LRT) di Palembang, Sumatra Selatan, Agustus 2017, jatuh menimpa rumah warga, ambruknya jembatan tol penyeberangan orang projek Jalan Tol Bogor-Ciawi-Sukabumi pada September 2017, bekisting head projek Jalan Tol Bekasi-Cawang-Kampung Melayu ambruk, pembinaan Jalan Tol Pasuruan-Probolinggo runtuh, dan lain sebagainya.[147]

Ketua Bidang Konstruksi dan Infrastruktur Kadin Indonesia Erwin Aksa menilai, banyaknya kecelakaan pembinaan disebabkan penugasan untuk membangun projek-projek infrastruktur baru kepada Badan Usaha Milik Negara (BUMN) terlalu banyak tanpa memperhitungkan kemampuan mereka, sehingga menyebabkan tingkat ketelitian dan pengurusan kehati-hatian menjadi terpecah-pecah.[148] Atas berbagai peristiwa kecelakaan pembinaan di atas, Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Basuki Hadimuljono membentuk Komite Keselamatan Konstruksi pada Januari 2018.[149] Dari hasil evaluasi dan audit sejak 20-28 Februari 2018, Komite Keselamatan Konstruksi menyimpulkan bahwa 38 dari 40 projek pembinaan mendapat rekomendasi dapat dilanjutkan pembangunannya, dengan rincian 10 projek dapat dilanjutkan dengan catatan dan 28 pembangunan projek lainnya berlanjut tanpa ada catatan.[150]

Pada Julai 2019, Komite Keselamatan Konstruksi juga mengeluarkan rekomendasi kepada PT PP untuk mengganti general manager pelaksana projek pembangunan Jalan Tol Bogor Ring Road dan pemimpin tim konsultan pengurusan pembinaan PT Indec, mitra kerja sama operasi projek tersebut,[151] menyusul peristiwa ambruknya tiang penyangga.[152]

Terkait aspek lingkungan, pelaksanaan Proyek Strategis Nasional dinilai belum menerapkan prinsip-prinsip pembangunan berkelanjutan (sustainable development) dengan menerapkan green construction yang baru diimplementasikan pada pembangunan pembinaan gedung. Assessment terhadap dampak emisi dan lingkungan hidup diperlukan kerana proses pembangunan pembinaan Proyek Strategis Nasional didominasi oleh lima pekerjaan, yakni pekerjaan beton (75%), pekerjaan tanah (66,67%), pekerjaan baja (51,17%), pekerjaan pasangan bata (41,67%) dan pekerjaan kayu (29,17%).[153]

Wahana Lingkungan Hidup Indonesia (Walhi) mengkritik Proyek Strategis Nasional yang memangkas izin lingkungan atau Analisis Dampak Lingkungan (Amdal) menjadi di bawah 60 hari.[154] Sementara itu, Walhi Kalbar menilai perlu ada Kajian Lingkungan Hidup Strategis (KLHS) guna menjadi prasyarat utama pembangunan projek Pelabuhanan Internasional Kijing, di Kalimantan Barat, yang menelan laburan sebesar Rp 14 trilion. Para nelayan setempat merasa wilayah laut tangkapan ikan mereka menjadi sempit dan berkurang.[155]

Di Bekasi, Wakil Gubernur Jawa Barat Uu Ruzhanul Ulum menilai, banjir yang melanda Kota Bekasi pada Februari 2020 terjadi akibat meningginya permukaan sungai, pembangunan projek Jalan Tol Bekasi-Cawang-Kampung Melayu, pembangunan Light Rail Transit, dan projek Kereta Cepat Jakarta-Bandung.[156] Sementara itu, Kepala Dinas Pekerjaan Umum dan Perumahan Kota Tangerang Decky Priambodo menilai, rusaknya Jalan Perancis sepanjang 2,2 kilometer di Kota Tangerang disebabkan banyaknya lalu lalang truk bertonase besar yang sedang mengerjakan projek Jalan Tol Cengkareng-Batuceper.[157]